記録の保存について、労働基準法第１０９条で次のように定められています。
使用者は、労働者名簿、賃金台帳及び雇入、解雇、災害補償、賃金その他労働関係に関する重要な書類を三年間保存しなければなりません。
この規定は、労働者の権利と労働に関する紛争の解決と監督する上での必要性から使用者=会社の義務として定められているものです。後から揉め事が発覚した場合に「書類を処分した」と言い訳できないようにするためという意味がありそうです。
保存方法は紙でないといけないか
保存方法については、労働基準監督署の臨検時等、保存文書の閲覧、提出等に直ちに対応できるシステムになっていて、画像情報の安全性の確保、正確性かつ長期間にわたって復元できる等の要件を充たしていれば電子媒体に保存することも認められています。
保存すべき書類
保存すべき書類は次のものです。
・労働者名簿
・賃金台帳
・労働契約における労働条件を明示した書類等（雇入れ通知書等）
・解雇予告通知書、その他解雇に関する書類
・災害補償及び賃金に関する書類
・業務災害等の災害に関する書類等
・賃金に関する書類
・労働の対償として使用者が労働者に支払ったすべてのものに関する書類
・その他労働関係に関する重要な書類
その他の書類として、出勤簿やタイムレコーダーの記録、使用者が自ら始業・終業時刻を記録した書類、残業命令書及びその報告書、労働者が記録した労働時間報告書など並びに労使協定書、各種許認可に係る書類等。
記録の保存三年間の起算日
三年の起算日については、以下のとおりです。
労働者名簿→労働者の死亡、退職又は解雇の日
賃金台帳→最後の記入日
雇入又は退職（解雇を含む）→労働者の退職又は死亡の日
災害補償→災害補償がおわった日
賃金その他労働関係に関する重要な書類→完結した日
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